Utrata statusu studenta

Dzień dobry
Jestem zatrudniona na umowę zlecenie. Wynagrodzenie otrzymuję co 3 miesiące. Ostatni okres rozliczeniowy to kwiecień - czerwiec. Podpisując umowę, byłam studentką, więc zleceniodawca nie odprowadzał składek na ZUS. W dniu 05.06.18. obroniłam pracę magisterską. Zlecenuodawca, wypłacając wynagrodzenie za trzymiesięczny okres, potrącił składki na ZUS od całej przysługującej kwoty. Czy jestem w błędzie myśląc, że składki powinny być odprowadzone jedynie od należności za okres od dnia 06.06.18., a nie od kwietnia? Księgowa tłumaczy to tym, iż rozliczenia dokonywane są raz na trzy miesiące, a w tym okresie ostatnie godziny przepracowałam już nie posiadając statusu studenta, w związku z czym nie może zastosować ulg. Wydaje mi się, że jest w błędzie.