Odpowiedź prawnika: Przekształcenie użytkowania wieczystego a VAT
Użytkowanie wieczyste różni się od własności tym, że jest to prawo terminowe (99 lat) i ma węższą treść. Ustanawiane jest za wynagrodzeniem uiszczanym corocznie do 31 marca.
Od 13 października 2005 r. obowiązuje ustawa z dnia 29 lipca 2005 r. o przekształceniu prawa użytkowania wieczystego w prawo własności nieruchomości (Dz. U. 2005 r., Nr 175, poz. 1459). Na jej podstawie osoba, na rzecz której zostało przekształcone prawo użytkowania wieczystego w prawo własności nieruchomości, jest obowiązana do uiszczenia dotychczasowemu właścicielowi opłaty z tytułu tego przekształcenia. Opłatę tę ustala właściwy organ w decyzji o przekształceniu stosując odpowiednio niektóre przepisy ustawy o gospodarce nieruchomościami o cenie nieruchomości. Podstawę dla ustalenia tej opłaty stanowi wartość nieruchomości, określona przez rzeczoznawcę majątkowego, pomniejszona o dotychczasowe opłaty za użytkowanie wieczyste. Właściciele nieruchomości mogą w uchwale przyznać bonifikatę.

Jeżeli przekształcenie prawa użytkowania wieczystego w prawo własności dotyczy nieruchomości rolnej, organ właściwy do wydania decyzji może udzielić bonifikaty od ww. opłaty w odniesieniu do nieruchomości stanowiących własność:
- Skarbu Państwa - za zgodą wojewody;
- jednostek samorządu terytorialnego - za zgodą właściwej rady lub sejmiku.
W uchwale z 8 stycznia 2007 r. (sygn. I FPS 1/2006) NSA uznał, że umowy użytkowania wieczystego ustanowionego przed 1 maja 2004 r. nie podlegają VAT. Gminy i powiaty nie muszą więc do związanych z nimi opłat rocznych ani doliczać VAT, ani płacić go z własnej kasy. NSA uznał, iż czynność oddania w użytkowanie wieczyste nieruchomości na gruncie ustawy o VAT należy traktować jako dostawę towarów ze względu na jego charakter zbliżony do prawa własności. Jeśli zaś uznać, że oddanie w użytkowanie wieczyste nieruchomości jest dostawą, to brak jest podstaw do opodatkowania opłat rocznych od umów ustanowionych i wpisanych do ksiąg wieczystych przed 1 maja 2004 r. W przypadku tych umów obowiązek podatkowy powstał w momencie wydania towaru. A w tym czasie czynność taka nie podlegała VAT. Gmina nie powinna zatem naliczać i odprowadzać VAT od opłaty za przekształcenie wieczystego we własność. Organy władzy publicznej nie są podatnikami VAT z tytułu wykonywania zadań, do realizacji których zostały powołane, chyba że zawierają umowy cywilnoprawne. Skoro zaś do przekształcenia dochodzi wskutek decyzji administracyjnych, nie powinno się do opłaty za nie doliczać VAT.
W rozdziale 9 działu III Ordynacji podatkowej uregulowano zagadnienia nadpłaty podatku. Za nadpłatę uważa się kwotę:
- nadpłaconego lub nienależnie zapłaconego podatku;
- podatku pobraną przez płatnika nienależnie lub w wysokości większej od należnej;
- zobowiązania zapłaconego przez płatnika lub inkasenta, jeżeli w decyzji, o której mowa w art. 30 § 4, określono je nienależnie lub w wysokości większej od należnej;
- zobowiązania zapłaconego przez osobę trzecią lub spadkobiercę, jeżeli w decyzji o ich odpowiedzialności podatkowej lub decyzji ustalającej wysokość zobowiązania podatkowego spadkodawcy określono je nienależnie lub w wysokości większej od należnej.
Jeżeli wpłata dotyczyła zaległości podatkowej, na równi z nadpłatą traktuje się także część wpłaty, która została zaliczona na poczet odsetek za zwłokę.
Zgodnie z art. 76 § 1 Ordynacji podatkowej, nadpłaty wraz z ich oprocentowaniem podlegają zaliczeniu z urzędu (tzn. obowiązkowo, bez wniosku podatnika) na poczet zaległości podatkowych wraz z odsetkami za zwłokę, odsetek za zwłokę określonych w decyzji, o której mowa w art. 53a, oraz bieżących zobowiązań podatkowych, a w razie ich braku podlegają zwrotowi z urzędu, chyba że podatnik złoży wniosek o zaliczenie nadpłaty w całości lub w części na poczet przyszłych zobowiązań podatkowych, z zastrzeżeniem § 2.
