Obecnie w postępowaniu podatkowym mamy do czynienia z nakładaniem się kompetencji kontrolnych oraz związanych z wymierzaniem podatku. Nie pozwala to na pełną skuteczność postępowań kontrolnych. Jest to także niekorzystne z punktu widzenia praw podatnika. Dlatego należałoby ten stan zmienić.
Organem pierwszej instancji, uprawnionym do prowadzenia postępowań kontrolnych i wydawania decyzji wymiarowych, są naczelnicy urzędów skarbowych i dyrektorzy urzędów kontroli skarbowej. Brak wyraźnie rozgraniczonych kompetencji kontrolno-wymiarowych prowadzi z jednej strony do rozmycia odpowiedzialności za skuteczność podejmowanych działań, z drugiej - do nie zawsze prawidłowych rozstrzygnięć merytorycznych.