Zgodnie z § 3 ust. 1 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 28 września 2007 r. w sprawie zapłaty opłaty skarbowej, składający wniosek lub pełnomocnictwo albo dokonujący zgłoszenia zobowiązany jest dołączyć dowód zapłaty należnej opłaty skarbowej, zwany dalej "dowodem zapłaty", albo uwierzytelnioną kopię dowodu zapłaty, nie później niż w ciągu 3 dni od chwili powstania obowiązku jej zapłaty. Dowód zapłaty może mieć formę wydruku potwierdzającego dokonanie operacji bankowej.

Jak stanowi § 3 ust. 2 wskazanego wyżej rozporządzenia, dowód zapłaty albo jego uwierzytelnioną kopię pozostawia się w aktach sprawy, z zastrzeżeniem ust. 3. Zgodnie z tym przepisem, na żądanie podmiotu, który dokonał zapłaty opłaty skarbowej, dowód zapłaty może zostać zwrócony, po uprzednim zamieszczeniu na nim adnotacji określającej datę dokonania zgłoszenia albo złożenia wniosku lub pełnomocnictwa, potwierdzonej podpisem osoby zamieszczającej adnotację, z podaniem imienia, nazwiska i stanowiska służbowego. Adnotacja powinna być zamieszczona także na wniosku, zgłoszeniu lub pełnomocnictwie, z zastrzeżeniem, że zamiast daty dokonania zgłoszenia albo złożenia wniosku lub pełnomocnictwa należy określić kwotę uiszczonej opłaty, datę wpłaty i numer pokwitowania lub numer rachunku bankowego, na który dokonano wpłaty. Adnotacji nie zamieszcza się na wniosku, zgłoszeniu lub pełnomocnictwie, jeżeli w aktach sprawy pozostaje uwierzytelniona kopia albo kopia dowodu zapłaty.

Z punktu widzenia udokumentowania wydatku na opłatę skarbową dla celów podatkowych czy rachunkowych oczywiście lepiej byłoby, żeby podatnik posiadał oryginał dowodu poniesienia opłaty, gdyż to uchroni go od ewentualnych sporów z organami podatkowymi co do prawidłowości udokumentowania poniesionego kosztu. W praktyce może to być trudne, gdyż niejednokrotnie urzędy żądają załączenia im oryginału. Co prawda powyższe przepisy dają możliwość zachowania przez podatnika oryginału dowodu zapłaty opłaty skarbowej i pozostawienia w urzędzie jedynie kopii tego dokumentu, niemniej jednak w praktyce ten sposób nie jest często wykorzystywany i podatnik pozostaje z jedynie kopią dowodu poniesienia kosztu.

Wydaje się, iż ponieważ - jak wynika z powyższych przepisów - zasadą jednak jest pozostawianie w urzędach oryginałów dowodów zapłaty opłaty skarbowej, organy podatkowe nie powinny kwestionować kopii tych dowodów jako dokumentów potwierdzających poniesienie kosztu, zwłaszcza jeśli podatnik wskaże, gdzie i kiedy oryginał dowodu został złożony. W skrajnych wypadkach organ podatkowy czy kontrolny będzie mógł w trybie Ordynacji podatkowej wystąpić do tych urzędów o przedstawienie złożonych im oryginałów dowodów uiszczenia opłat skarbowych.