Naliczenie kar umownych po zakończeniu umowy.

Witam,
Umowa między firmami A i B obejmowała przewóz przez firmę B do firmy A określonych substancji. Co miesiąc firma A wystawiała fakturę za ich przyjęcie, firma B ją opłacała. Po kilkuletniej współpracy firma B rozwiązała umowę ponieważ zakończyła tego typu działalność. Po kilku miesiącach od rozwiązania umowy firma A sobie przypomniała, że przewożone substancje nie spełniały określonych parametrów (mogli to monitorować na bieżąco i na bieżąco naliczać kary) i na podstawie zapisu w umowie naliczyła za to kary umowne za okres 3 lat.
Czy firma A ma podstawy prawne do dochodzenia kar umownych, które w wyniku przeciągania ich naliczenia urosły do dużej kwoty i zostały naliczone po zakończeniu umowy? Czy te kary nie powinny być naliczane na bieżąco podczas czasu trwania umowy?